研究生教育力求培养创新性学术人才与高层次应用型人才。学院现有环境科学、环境工程2个博士学位点和2个硕士学位点。2014年，威廉希尔WilliamHill官方网站实行一级学科统一招生，录取研究生中来自985、211院校学生比例达到51%。学院每年招收硕士研究生90余人，博士研究生30余人，学院每年招收环境工程类工程硕士研究生20余人。目前，在校研究生总数近460人。

学院师资力量雄厚、仪器设备先进、科研经费充足，这为研究生提供了良好的学习和科研氛围。学院通过研究生会和党支部组织策划包括“教授讲坛”、“博士生论坛”以及“楼层杯足球赛/篮球赛”在内的多种学术和娱乐活动；其中，博士生论坛与开题/中期报告结合，已成为威廉希尔官网研究生教育特色，由教授组成的评委会对每个报告进行点评，并评选出论坛“学术之星”。此外，学院定期邀请国内外专家讲学，鼓励学生参加国内外学术会议，以开阔视野、促进交流。

      近几年，学院研究生教育取得很大成功，有4人获得全国优秀博士论文提名奖、8人获得辽宁省优秀博士论文奖、7人获得辽宁省优秀硕士论文奖，多人获得国外著名奖学金（如德国洪堡基金）资助，毕业生过硬的科研素质、良好的学习能力和朴实的为人态度受到全国各个用人单位的好评。